Říkají, že metagenom mění naše geny, aby způsobily onemocnění?

Bakterie mohou krátkodobě přetrvávat ve fagocytárních buňkách během akutních infekcí. Nicméně extrapolace z tohoto článku na bakterie žijící léta ve fagocytech po celý život pacienta s autoimunitním onemocněním je skokem přes Grand Canyon lékařské hypotézy. Biofilmy jsou důležité u přetrvávajících infekcí spojených s protetickým materiálem a osteomyelitidou, ale role biofilmů u jiných onemocnění, která nejsou spojena s inertním materiálem, je nejistá.

Budují tedy argument pro patogenezi onemocnění, založený z velké části na příkladech a paralelně, pro infekce způsobené koloniemi dosud neobjevených organismů, které se vyhýbají imunitnímu systému a žijí v biofilmech.

Protože některé organismy nelze izolovat, naše existují a nelze candidol cena v lékárně je izolovat. Protože některé organismy se mohou vyhýbat imunitnímu systému, naše se vyhýbají imunitnímu systému. Protože některé organismy žijí v biofilmech, naše žijí v biofilmech.

Další odstavec se týká snadné výměny bakteriální DNA a toho, jak může staromódní nazývat organismus E. coli. Souhlasím s tímto pohledem na bakterie, protože na jedné úrovni, vzhledem k jejich schopnosti vyměňovat a využívat DNA, jsou bakterie metagenomem a naše klasifikace bakterií může být nepřesná. Mám sklon považovat bakteriální identifikaci spíše za pravděpodobnostní než za absolutní charakteristiku. Jsou rozmazané a ne v dobrém slova smyslu.

„Vzhledem k jejich malé velikosti se do lidské buňky vejdou stovky nebo dokonce tisíce bakteriálních buněk [6]. Kombinované genetické příspěvky těchto mikrobů nevyhnutelně poskytují nesčetné genové produkty, které nejsou kódovány našimi vlastními relativně malými genomy. To znamená, že lidský genom je pouze jedním z mnoha genomů, které ovlivňují funkci Homo sapiens. Ve skutečnosti je organismus, kterému říkáme Homo sapiens, řízen metagenomem, ohromným množstvím různých genomů pracujících paralelně. “

Promiň, tohle mi přijde směšné. Tak určitě. Pokryli jsme miliony bakteriálních genů a na některých místech probíhá neustálá interakce mezi bakteriemi a námi. Ale naznačovat, že tyto geny v bakteriích jsou součástí našich genů a ovládají nás, je neopodstatněná extrapolace a podle mého chápání spíše sci-fi než vědecký fakt. A to, že se do buňky vejdou tisíce bakterií, ještě neznamená, že se vejdou. Člověk by si myslel, s ohledem na posledních 50 let světla a dalších forem mikroskopie a pokračujícího pátrání po infekčních etiologiích většiny autoimunitních onemocnění (pátrání, které je stále negativní), že by si někdo po nějaké době všiml obrovského množství bakterií nacpaných do buněk. A že takové nálezy by ostatní snadno reprodukovali. Kupodivu se to nestalo. Takže pokud se zdá, že se bakterie nehodí, musíme se osvobodit…. omlouvám se za ten.

Pak další zvláštní příklad:

“Produkty bakteriálních genů mohou být velmi podobné našim vlastním.” Například metabolismus glukóza-6-fosfátu v lidském těle a E. coli je téměř identický, takže oba druhy produkují pozoruhodně podobné metabolity [11]. S ohledem na tuto skutečnost interakce mezi genomem E.coli a lidským genomem, protože si vyměňují výživu a toxiny, zvyšuje složitost transkripce a translace pro oba druhy.“

Díky evoluci sdílíme mnoho společných metabolických drah s mnoha bakteriemi; proto některá antibiotika ovlivní lidské buňky a některá protirakovinná léčiva ovlivní bakterie. Role interakce bakteriálních metabolických produktů, mimo lokální, je však v současnosti u onemocnění spekulativní. Poté zmiňují, že v systému zkumavek probiotické bakterie pěstované v odstředěném mléce vytvářejí enzymy, které inhibují enzym konvertující angiotenzin 1. Jak je to relevantní pro lidské systémy, vyžaduje další obrovský skok. Vždy je otázkou, zda příklady zkumavek mají klinickou relevanci. V tomto případě je to nepravděpodobné, protože nejsme odstředěné mléko a bakteriální kmeny v probiotikách jsou obvykle jiné než kmeny, které se nacházejí v nás. Možné, ale negeneroval bych na základě toho léčebný plán.

Autoři pak uvádějí příklady toho, jak jsou dva geny změněny bakteriemi ve zkumavce: jeden upregulovaný, jeden downregulovaný. Tady žádný argument. Když je infikováno, tělo reaguje různými způsoby. Geny jsou regulovány nahoru a dolů. Je vždy otázkou, zda tyto jevy ze zkumavky mají klinický význam, nebo zda se ztrácejí ve složitém lidském metabolickém systému. Tyto efekty jsou často ekvivalentem házení kamenem do oceánu v Oregonu a zvětšování vln na Havaji. Účinky jsou příliš malé na to, abychom si je všimli, motýli a hurikány neodolají.

Pak přejděte ke capnine:

Sulfonolipid Capnine, vytvořený klouzavými bakteriemi, které jsou přítomny v biofilmu, poskytuje konkrétní příklad toho, jak by bakteriální metabolit mohl manipulovat s lidskou genovou expresí, aby dramaticky změnil progresi autoimunitních a jiných chronických onemocnění. Capnine má schopnost narušit transkripci VDR, jeden z nejplodnějších jaderných receptorů v těle [15].

Poznámka může, nedělá. A důkaz? Odkaz je z článku, který pochází z počítačového modelování interakce capninu a VDR. Opět s počítačovým modelováním. Žádná skutečná data, která by ukazovala interakci této molekuly a VDR. Žádná data, která by prokázala, že tato molekula nikdy nebyla nalezena mimo biofilm, kde by mohla mít farmakologické účinky. Přechod od počítačového modelování k patogenezi a léčbě nemocí je další obrovský kus práce. Jako klinický lékař na mě dojem neudělal. Počítačové modely jsou zajímavé, ale než je lze brát vážně, je třeba je porovnat s tou otravnou realitou. Je škoda, že z počítačového modelu nelze skočit rovnou do skutečného života, protože bych si přál počítačový model, který by ze mě udělal vítěze Powerballu.

“Pokud by tedy Capnine dereguloval VDR, značně by to narušilo vrozenou imunitní odpověď.” Dysfunkce VDR by způsobila nárůst aktivního metabolitu vitaminu D 1,25-D na nadměrně vysoké hladiny, kde by mohl inhibovat expresi většiny ostatních jaderných receptorů v těle – včetně alfa štítné žlázy, glukokortikoidního receptoru a androgenního receptoru [20] . To by vedlo k hormonální nerovnováze a také by interferovalo s expresí desítek dalších AmP exprimovaných těmito receptory. In vivo se zdá, že mikroflóra postupně vypíná vrozenou imunitní odpověď během života člověka, což vede ke zvýšené akumulaci chronických bakterií a jiných patogenů [21]. “

Kdyby přání byla koňmi, jezdili by žebráci: Kdyby tuřín byly hodinky, nosil bych je vedle sebe. Pokud by byl capnine patogenní, bakterie by více než klouzaly.

Všechno je to neprokázaná spekulace prezentovaná jako fakt, vše vyplývá z mohl a kdyby. Neexistují žádné údaje in vitro nebo in vivo, které by naznačovaly, že se capnin podílí na čemkoli jiném než na produkci biofilmů. Odkaz 21 vede ke spekulativní recenzi, která bude probrána později, nikoli původnímu výzkumu. Ale nic z toho není založeno na původním výzkumu skutečných biologických systémů. Vypnutí imunitního systému bakteriemi, i když je uváděno jako fakt, je ještě neprokázanější spekulací.

„Geny z akumulujícího se mikrobiálního metagenomu mohou nakonec určovat klinickou symptomatologii onemocnění, jako je autoimunitní diagnóza, nebo jednoduše řídit zánět spojený s bolestmi a bolestmi stárnutí [5]. Tato akumulace je extrémně logickým evolučním mechanismem přežití. Komponenty lidského mikrobiomu se vyvinuly tak, aby dysregulovaly receptor VDR, který by jinak aktivoval silnou imunitní odpověď proti jeho přítomnosti.

Ne.  Většina bakterií v našem mikrobiálním metagenomu prostě není patogenní a postrádá schopnost napadnout a způsobit onemocnění. Bakterie musí mít schopnost způsobit onemocnění, a většina ne. Žijí mimo nás, na nás a v symbióze s námi. I když vymažete většinu imunitního systému chemoterapií nebo AIDS a pacienti onemocní invazí vlastních bakterií, počet patogenů u těchto pacientů je omezený v poměru k počtu bakterií, které mají. Z našich tisíců bakteriálních druhů se musím starat jen o pár desítek. Z milionů mikrobiálních druhů na světě má méně než tisícovka schopnost infikovat člověka. Většina bakterií prostě nemůže způsobit onemocnění. Aby přežily, nemusí se vyvinout k dysregulaci receptoru vitamínu D. Pokud ovšem netvoří velké, neviditelné, intracelulární kolonie, což podle mého názoru nedělá.

„Jak komentuje Royston Goodacre v Journal of Nutrition, rodíme se s genomem, který kromě genů druhů, které mohou přežít v děloze a endometriu [22], je z velké části lidský. Ale nevyhnutelně zemřeme s genomem, který obsahuje alespoň 90 % bakterií.“

Nesmysl. Genom, který je na nás, není genom, který je v nás. Náš genom, to, co z nás dělá lidi, je to, co předáváme reprodukcí, a tyto geny zcela jistě nejsou bakteriálního původu. Podle tohoto paradigmatu předpokládám, že kdybyste se utopili v odpadní jámě, zemřeli byste s ještě větším genomem.

Přecházejí k diskusi o produkci protilátek v důsledku infekce metagenomem.

“Přesto teď, když je Homo sapiens chápán jako produkt mnoha genomů, je stejně tak možné, že protilátky pozorované u autoimunitních onemocnění jsou výsledkem změny lidských genů a genových produktů bakteriálním metagenomem.”

Pokud vezmeme jednu nepodloženou hypotézu za pravdivou, pak je stejně pravdivá i další nepodložená hypotéza. Nejsme produktem více genomů, to je nadsázka. Pokud ale něco opakujete dostatečně často, možná to bude považováno za pravdivé i přes nedostatek důkazů. Pracuje pro politiky. Říkají, že metagenom mění naše geny, aby způsobily onemocnění? Že bakterie vedou ke genetickým mutacím? Nemluví zde o přirozeném výběru.

Říká se, že DNA je pozměněna bakteriemi. Novinky pro mě, a pokud jsou pravdivé, vedou k novému chápání patofyziologie onemocnění. Je to pouze „stejně možné“, i když bych tuto spekulaci klasifikoval jako extrémně nepravděpodobnou.

Dále je pojednáno o tom, jak se bakteriální flóra mění v čase a na místě a v důsledku toho se produkty této bakteriální flóry budou s časem měnit. Žádný argument, pokračující odliv a odliv bakteriální flóry se teprve začíná objasňovat. Jak to mění projevy onemocnění, je naznačeno v textu, ale usuzuji, že různá mikrobiota u lidí povede k různým autoimunitním onemocněním. Což by byla dobrá omluva pro to, že u každého pacienta nebyl nalezen konzistentní patogen způsobující danou nemoc. Každý pacient má jiný mikrobiální metagenom způsobující jeho sarkoid nebo RA nebo jakoukoli přítomnou chorobu. Přiznávám, že jsem oddán myšlence, že jeden brouk způsobuje jednu nemoc. Již více než století tento koncept, který je jádrem Kochových postulátů (5), pomáhá odhalit příčinu všeho od AIDS až po Zygomycetes. Pokud je závěr pravdivý, může to způsobit, že patofyziologii obhajovanou v tomto dokumentu nebude možné testovat nebo zfalšovat. Také by to znemožnilo izolovat infikující organismy a otestovat je, aby se zjistilo, jaké je optimální antibiotikum, které se má použít k jeho usmrcení. Lékař nikdy nemohl říci, že pacient NEMÁ nemoc, což je často důležitá informace, kterou je třeba pacientovi poskytnout.

Poté přejdou k tomu, kde a jak mikrobiota způsobuje onemocnění:

„Perzistentní bakterie včetně Francisella tularensis [25], Mycobacterium tuberculosis [26], Rickettsia massiliae [27], Brucella spp. [28], Listeria monocytogenes [29], Salmonella typhimurium [30] a další využívají různé mechanismy, aby se vyhnuly imunitní odpovědi a přežily uvnitř makrofágů a jiných fagocytárních buněk.

Je to vzácný patogen, který přežívá, obvykle relativně krátkou dobu, v cytoplazmě buněk. Nakonec buď zabije hostitele v relativně krátkém pořadí, nebo je vyléčen. Chronická infekce buněk není u těchto organismů normou, i když může dojít k extracelulárním perzistentním infekcím. Jak bude diskutováno později, předpokládá se, že organismy s nedostatkem buněčné stěny přetrvávají v cytoplazmě a způsobují autoimunitní onemocnění. Na výše uvedených organismech je zvláštní, že mechanismy, kterými se tyto organismy vyhýbají imunitnímu systému, jsou často součástí, no, ehm, buněčné stěny. To, co bakteriím umožňuje vyhnout se imunitnímu systému a přežít intracelulárně, je často způsobeno složkami na buněčné stěně a předpokládal bych, že organismy s nedostatkem buněčné stěny by tento mechanismus postrádaly.

„Kromě toho byly v buňkách pacientů s juvenilní revmatoidní artritidou [31], sarkoidózou [6] a jinými zánětlivými onemocněními [32] detekovány různé druhy bakterií.

Hledání reprodukovatelné infekce u těchto a dalších autoimunitních onemocnění pokračuje a nebudu překvapen, když se jednoho dne najde jeden nebo více mikrobů v centru sarkoidního granulomu. Nebo v JRA jointu. Ale stále se čeká na konzistentní, reprodukovatelný průkaz infekčního agens u kteréhokoli z těchto autoimunitních onemocnění. Když objeví infekční příčinu některých z těchto autoimunitních onemocnění, bude to pravděpodobně jeden osamocený organismus, nikoli kolonie. Pokud je zapotřebí vesnice bakterií, aby způsobila metropoli nemocí, byla by to nová patofyziologie.

“To naznačuje, že mikrobiota způsobující onemocnění z velké části přetrvává v cytoplazmě jaderných buněk, kde má přístup jak k transkripci DNA, tak k mechanismu translace proteinů Homo sapiens.” “

Opravdu? ano? Pokud ano, kde jsou? Kolonie bakterií by měly být viděny světelnou nebo elektronovou mikroskopií, a přesto se tyto bakterie po 100 let vyhýbaly detekci. Romulanská maskovací technologie je pravděpodobně nad jejich kapacity. Mohlo by to být navrženo, ale nikdy si toho nikdo nevšiml. Občas se objevují zprávy o kvazi bakteriálních produktech nalezených v buňkách na EM, nikdy nereprodukovaných, nikdy nepotvrzených alternativními technikami. Kde jsou ve všech vzorcích ve všech patologických laboratořích po celém světě? Najít mikrobiotu by mělo být dost snadné, ne?

„Mikroorganismy jsou také schopny integrovat svou DNA s naší vlastní [36]. To má za následek změnu lidské DNA mikrobiotou v průběhu času, což potenciálně vede ke genetickým mutacím spojeným s autoimunitními diagnózami. Genetické haplotypy pozorované u autoimunitních onemocnění mají často velmi nízkou statistickou významnost, jak by se dalo očekávat na základě znalosti, že metabolom se liší od populace k populaci a jednotlivce od jednotlivce. Kromě toho jsou mechanismy opravy hostitelské DNA citlivé na modifikaci produkty metabolomu. Ve skutečnosti mohou bakterie unést mechanismy opravy DNA, aby vytvořily genetickou rozmanitost bez ztráty genomové stability [37, 38].

Zmíněným mikroorganismem je herpes virus a existuje několik virů, herpes a retrovirus, které mohou vložit svou DNA do naší. V článku jsou bakterie zmiňovány jako složky mikroflóry a ty pak přecházejí na virus a neobtěžují se to zmiňovat. To je přinejlepším nečestné a zavádějící pro každého, kdo se neobtěžoval jít do poznámek pod čarou. Tento druh stipendia není pro čtenáře uklidňující. Vyšší organismy (bakterie, mykoplazma atd.) však svou DNA do té naší nevkládají. Neexistují žádné údaje, které by naznačovaly, že akumulace bakteriální DNA u lidí odpovídá za autoimunitní onemocnění. To je řečeno, jako by to byla skutečnost, když je to blíže sci-fi.